TaqMan sondy jsou dvojitě barvené hydrolyzační sondy a jsou registrovanou značkou Roche Molecular Systems, Inc.
• Využívají 5’ exonukleázové aktivity Taq polymerázy při syntéze DNA.
• Jsou tvořeny 18-22 bp, která je komplementární k cílové sekvenci.
• Na 5’ konci nesou reportérový fluorofor, na 3’ nesou molekulu zhášeče, tj. molekulu barviva, která blokuje emisi fluorescence z fluoroforu na 5’ konci (pokud je v dostatečné vzdálenosti).
• Pokud sonda není činností Taq polymerázy hydrolyzovaná, zhášeč je v blízkosti fluorochromu (jsou oba na molekule oligonukleotidu) a k fluorescenci nedochází.
• Během PCR se sonda váže specificky mezi forward a reverse primery. Taq polymeráza, která během extense podle templátového řetězce syntetizuje DNA, narazí na přisedlou TaqMan sondu a svou exonukleázou aktivitou ji rozloží. Tím se separuje molekula fluorochromu od zhášeče a dochází k emisi fluorescence.
• V průběhu PCR, při opakování jednotlivých cyklů, dochází k postupnému zvyšování fluorecenčního signálu.
Kritéria pro TaMan sondy:
• Teplota tání (Tm): Teplota tání primerů by měla být 58-60°C a teplota tání TaqMan sondy by měla být o 6-8°C vyšší.
• Délka primerů: Primery by měly být 15-30 bp dlouhé.
• Obsah GC párů: Obsah GC párů by měl být 30-80%.
• Délka amplikonu: Maximální délka amplikonu by neměla překročit 400 bp (ideálně 50-150 bp).
