Teplota nasedání primerů, neboli teplota annealingu, se odvíjí od délky primerů a počtu GC párů:
• Čím je délka primeru větší a obsah GC párů vyšší, tím by měla být vyšší i teplota nasedání.
• Teplota nasedání primerů musí být dostatečně vysoká, aby nedošlo k nespecifickému nasedání primerů k templátové DNA. Pokud by ale byla příliš vysoká, primery by nenasedaly vůbec.
• Je třeba, aby teplota nasedání byla optimální pro oba primery a obsah GC párů v obou primerech byl srovnatelný, tzn. aby byla srovnatelná teplota nasedání obou primerů.
• Pro výpočet teploty primerů můžete použít přiloženou tabulku:
