Izolace pomocí komerčně dostupných gravitačních kolonek je v současné době nejčastějším způsobem izolace genomové DNA. Jedná se o rychlou a účinnou metodu poskytující DNA o dostatečné čistotě pro většinu aplikací. Na trhu je k dispozici celá řada kolonkových kitů sloužících k izolaci genomové DNA.

———————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————–

ZÁKLADNÍ POSTUP PŘI IZOLACE DNA POMOCÍ GRAVITAČNÍCH KOLONEK
  • Lyzát, který se ponejprv získá rozrušením tkání a buněk a působením proteázy se nanese do speciální kolonky.
  • V kolonce je přítomna matrix, na kterou se dodaná DNA naváže.
  • Centrifugací kolonky se roztok (bez DNA) odplaví pryč.
  • Matrix s navázanou DNA se promyje promývacím roztokem. Promývací roztok je odplaven z kolonky následnou centrifugací.
  • Po promytí se DNA z matrix vyváže centrifugací s vodou či elučním pufrem. DNA je takto odplavena z matrix do připravené sběrné zkumavky.

 

U kolonkových kitů je důležité brát v úvahu tyto parametry:

  • pro jaký druh vstupního materiálu je kit určen (krev, tkáň, rostliny),
  • vstupní množství materiálu – na trhu jsou také kity optimalizované pro množství výtěžků, tj. kity pro použití při malých, středních a velkých vstupních množství materiálu,
  • výtěžek se pohybuje řádově většinou desítky µg DNA / RNA,
  • délka protokolu (většinou cca 30 min – 1 hodina),
  • vazebná kapacita kolonky – většinou cca 50 µg,
  • čistota výtěžku (A260/A280) – udává kontaminaci proteiny (výrobci kitů udávají většinou 1,6 – 1,9).