Izolace pomocí komerčně dostupných gravitačních kolonek je v současné době nejčastějším způsobem izolace genomové DNA. Jedná se o rychlou a účinnou metodu poskytující DNA o dostatečné čistotě pro většinu aplikací. Na trhu je k dispozici celá řada kolonkových kitů sloužících k izolaci genomové DNA.
———————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————————–
ZÁKLADNÍ POSTUP PŘI IZOLACE DNA POMOCÍ GRAVITAČNÍCH KOLONEK
- Lyzát, který se ponejprv získá rozrušením tkání a buněk a působením proteázy se nanese do speciální kolonky.
- V kolonce je přítomna matrix, na kterou se dodaná DNA naváže.
- Centrifugací kolonky se roztok (bez DNA) odplaví pryč.
- Matrix s navázanou DNA se promyje promývacím roztokem. Promývací roztok je odplaven z kolonky následnou centrifugací.
- Po promytí se DNA z matrix vyváže centrifugací s vodou či elučním pufrem. DNA je takto odplavena z matrix do připravené sběrné zkumavky.
U kolonkových kitů je důležité brát v úvahu tyto parametry:
- pro jaký druh vstupního materiálu je kit určen (krev, tkáň, rostliny),
- vstupní množství materiálu – na trhu jsou také kity optimalizované pro množství výtěžků, tj. kity pro použití při malých, středních a velkých vstupních množství materiálu,
- výtěžek se pohybuje řádově většinou desítky µg DNA / RNA,
- délka protokolu (většinou cca 30 min – 1 hodina),
- vazebná kapacita kolonky – většinou cca 50 µg,
- čistota výtěžku (A260/A280) – udává kontaminaci proteiny (výrobci kitů udávají většinou 1,6 – 1,9).