Internetové databáze

 

Databáze Webová stránka Zaměření
NCBI (National Center for Biotechnology Information) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Nabízí několik biotechnologických a biomedicínských databází a nástrojů.
PubMed (součástí NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ Biomedicínská bibliografická databáze
Epigenomic Database (součástí NCBI) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/epigenomics Databáze epigenetických modifikacíArabidopsis thalianaCaenorhabditis elegansDrosophila melanogasterHomo sapiensMus musculus
Web of Science http://thomsonreuters.com/thomson-reuters-web-of-science/ bibliografická a citační databáze
Databáze nukleotidových sekvencí
GenBank (National Center for Biotechnology Information) Součástí NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide Databáze nukleotidových sekvencí s doprovodnými bibliografickými a biologickými informacemi
DDBJ (DNA Data Bank of Japan)  http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Je součástí INSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration), poskytuje informace o nukleotidových sekvencích
EBI (The European Bioinformatics Institute) http://www.ebi.ac.uk/ Databáze bioinformatických informací
Genomové databáze
Ant genomics database – Fourmidable http://www.antgenomes.org/

 

mravenci
Banana Genome Hub http://banana-genome.cirad.fr/ Musa acuminata
EcoCyc http://ecocyc.org/
  1. coli K-12
Ensembl http://www.ensembl.org/index.html člověk, myš, další obratlovci a jiné eukaryotní genomy
PATRIC ( the PathoSystems Resource Integration Center) http://patricbrc.vbi.vt.edu/portal/portal/patric/Home patogenní baktérie
FlyBase http://flybase.org/ Drozofila
MaizeGDB http://www.maizegdb.org/ Kukuřice
MGI (Mouse Genome Informatics) http://www.informatics.jax.org/ myš
  http://www.hgmd.org/ člověk
JGI: http://genome.jgi.doe.gov/ různé genomy
National Microbial Pathogen Data Resource NMPDR  NMPDR http://www.nmpdr.org/FIG/wiki/view.cgi Campylobacter, Listeria, Staphylococcus, Streptococcus, Vibrio; Chlamydiaceae, Haemophilus, Mycoplasma, Neisseria, Treponema, Ureaplasma.
Regulon http://regulondb.ccg.unam.mx/ he primary database on transcriptional regulation in Escherichia coli K-12
SGD (Saccharomyces genome database) http://www.yeastgenome.org/ Saccharomyces cerevisiae
Sol Genomics http://solgenomics.net/ Solanum, Nicotiana, Capsicum, Petunia
TAIR (Arabidopsis Biological Resource Center) http://www.arabidopsis.org/ Arabidopsis
Xenbase http://www.xenbase.org/entry/ Xenopus tropicalis, Xenopus laevis
Wormbase http://www.wormbase.org/#01-23-6 Coenorhabditis elegans a další nematoda
UCSC Genome Bioinformatics https://genome.ucsc.edu/ Různé genomy
RGD (Rat genome database) http://rgd.mcw.edu/ Rattus norvegicus
VectorBase https://www.vectorbase.org/ Aedes aegypti, Anopheles gambiae,Culex quinquefasciatus, Ixodes scapularis, Pediculus humanus, Rhodnius prolixus
ZFIN (The Zebrafish Model Organism Database) http://zfin.org/ Danio rerio