Molecular Beacons

Real-time PCR

sipka vlevo

—————————————————————————————————————————-

MOLECULAR BEACONS

Molecular beacons jsou jednořetězcové oligonukleotidy, jejichž konce jsou vzájemně komplementární a tudíž oligonukleotidy vytvářejí vlásenku. Na jednom konci oligonukleotidu je fluorochrom, na druhém je molekula barviva, tzv. zhášeče, která po vytvoření vlásenky blokuje emisi fluorescence z fluorochromu sedícím na druhém konci. Pokud je ovšem molekula oligonukleotidu denaturovaná (dochází k rozrušení vlásenky) a hybridizovaná s cílovou sekvencí, molekula fluorochromu je separovaná od molekuly zhášeče a dochází k emisi fluorescence. Pokud cílová sekvence přítomna není, dojde k opětovné formaci vlásenky a k emisi fluorescence nedochází.

Molekular beacons jsou tvořeny ze čtyř částí:

Očko vlásenky: Je tvořeno z 18-30 bazí, které jsou komplementární k cílové sekvenci.

Báze vlásenky: Jedná se o 5-7 bp dlouhé sekvence, které leží na koncích oligonukleotidu a jsou vzájemně komplementární.

5′ fluorofor: Jedná se o molekulu fluorochromu, která je umístěna na 5’ konci oliognukleotidu. V případě, že je oligonukleotid ve formě vlásenky, emise fluorochromu je blokovaná zhášečem na 3’ konci oligonukleotidu.

3′ zhášeč: Je molekula barviva, která je kovalentně vázaná na 3’ konec oligonukleotidu. V případě, že je oligonukleotid ve formě vlásenky, zhášeč na 3’ konci oligonukleotidu blokuje emise fluoroforu umístěném na 5’ konci.

Molecular beacon